昭和4年に開館した子午線館は、天文台において、精密時計を補正するなど の目的のために用いられていました。近年はその活躍の場を失い、解体さ れるという話がありました。しかし、子午線館が大正から昭和の洋式木造 建築として、日本の建築学史上において、貴重な建築物であるとの専門家から の指摘もあり、花山天文台歴史館として修復保存されることになりました。
歴史館は3部屋に分かれており、西から天文台歴史室、天体・時計室、太陽 スペクトル室として、展示しています。