京大天文台は、大正14年（1925）に本部構内時計台西隣に新築されました京都帝国大学理科大学宇宙物理学科（以後、宇宙物理学教室とよびます）の建物を京都市民の方々が親しみをこめてそのように呼んだことにはじまりがあります。その後現在の東大路が拡幅され市電が開通することになり、観測環境が悪化することを懸念してより暗い空を求めて当初吉田山に天文台建設が計画され、最終的に昭和4年（1929）現在地である東山北花山に新たに花山天文台が新設されました。宇宙物理学教室の付属施設として運営され、観測部門の第二講座が担当しました。京大天文台建物は昭和14年（1939）まで本部構内に存続しており、この10年あまりの期間は本部構内と花山に9m大ドームが両立していたことになります。
昭和43年（1968）岐阜県上宝村に飛騨天文台が開設されるにおよび、花山・飛騨天文台は教室施設から理学部附属天文台となりました。また平成30年（2018年）には岡山天文台が加わりました。附属天文台の最新の年表はこちらの天文台ページをご覧下さい。
歴代花山・飛騨天文台長
- 山本一清 （1929-1937）
- 上田 穣 （1938-1954）
- 宮本正太郎（1958-1974）
- 服部 昭 （1976-1978）
- 川口市郎 （1979-1986）
- 小暮智一 （1987）
- 牧田 貢 （1988-1995）
- 黒河宏企 （1996-2003）
- 柴田一成 （2004-2018）
- 一本 潔 （2019-2021）
- 横山央明 （2022- ）